匈牙利继9月份关闭接壤塞尔维亚的边境后，在10月16日午夜，又全面关闭了接壤克罗地亚的边境，以堵截难民非法闯关。克罗地亚开始将大批滞留该国的难民送往西边的斯洛文尼亚。斯洛文尼亚政府称，每天可以接收最多８千名难民，暂时有能力应对。
在匈牙利边境地区扎卡尼（Zakany）的非正式入境通道，最后一批约1500名难民自克罗地亚乘坐火车，赶及在当地时间16日午夜前抵达。匈牙利军警随即修筑该段铁丝网栏栅，长达约300公里的匈克两国边境正式关闭。
匈牙利政府发言人 Zoltan Kovacs 称，“措施旨在保障欧洲内部自由，以及匈牙利、欧洲公民的安全”，他又解释，当局关闭了让经济移民入境的“绿色边境”，但持有合法文件的难民依然可以循两个官方边境检查站通关。
有报导指，匈牙利是因为不满最新一轮欧盟峰会所定出的难民方案，而采取进一步关闭边境的措施。边境关闭前几个小时，匈牙利外长 Peter Szijjarto 明言，由于欧盟峰会并未决议通过保护希腊与申根区以外地域的边境，因此匈牙利必须关闭边境，以保障申根国家的边境安全。
欧盟于15日召开峰会，本来已与土耳其达成解决难民危机的合作计划，但土耳其随后因援助金额问题，反口称计划仍在草案阶段，匈牙利因此质疑欧盟与土耳其合作的成效。此外，匈牙利在峰会上提出合作计划应包括派遣一支安全部队前往希腊、土耳其负责堵截难民，最终未获其他成员国支持，也被认为是导致匈牙利不满的原因。
匈牙利政府采取了一些措施，以维护欧洲内部的自由，及保障匈牙利、欧洲公民的安全。
早在9月份，匈牙利已经关闭了接壤塞尔维亚的边境，滞留塞尔维亚的难民于是转往西边的克罗地亚，并从那里继续涌入匈牙利。如今匈牙利关闭接壤克罗地亚的边境后，滞留克罗地亚的难民只能再一次往西边寻找出路，斯洛文尼亚将成为必经的下一站。
据 BBC 报导，17日清晨，第一批约2700名难民已经抵达斯洛文尼亚；当局为难民登记，并为其中大部份人安排交通工具，送往接壤奥地利的边境。17日下午，已经有第一批取道斯洛文尼亚的难民抵达奥地利。
我们将加强关注国家及国民的安全问题，以确保本国能正常运作……但要强调一点，目前本国并不处于紧急状态。
斯洛文尼亚外长 Karl Erjavec 称，该国有能力每天接收最多８千难民，以及移送最多5千难民往奥地利，但若超出这个预算，后果难以想像。斯洛文尼亚政府为了控制难民潮，已经关闭所有往来克罗地亚的铁路服务，并加派军队到边境维持治安；但也同时与克罗地亚商议，尽快开放数个临时边境通道，加快处理难民过境。
这些来自中东、南亚的难民，绝大部份希望最终落户奥地利、德国等西欧国家。斯洛文尼亚及克罗地亚的官员均已表明，只要奥地利、德国愿意接受这批难民，他们不会关闭边境。
声音
匈牙利关闭边境，无助于解决问题。该措施与我们构筑欧盟团结的努力背道而驰。
关闭边境形成了“多米诺效应”（骨牌效应），难民人数不断积压，这会为所有国家造成很大的麻烦，我无法设想可能导致的后果。他们（难民）已经赌上性命，没有人能阻挡难民潮；你要怎样堵住他们……难道要开枪镇压？