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4月11日，美國總統拜登、日本首相岸田文雄和菲律賓總統小馬科斯（Ferdinand Marcos Jr.，小馬可仕）在華盛頓舉行了首次美日菲三方領導人峰會。會後，美國國務院發布了《日本、菲律賓和美國領導人共同願景聲明》，宣布將加強三方在防務與經濟上的合作。
《聲明》中關於「合作促進和平與安全」的內容尤為受到外界關注。
《聲明》指「對中華人民共和國在南中國海的危險和侵犯性行為表示嚴重關切」，還「重申強烈反對中國單方面通過武力或脅迫手段改變東中國海現狀的任何企圖」，並「申明台海和平穩定是全球安全與繁榮不可或缺的重要因素」。
《聲明》中再次呼籲中國遵守海牙常設仲裁法院（PCA）於2016年7月12日的南中國海仲裁裁決，指該裁決認定仁愛礁（台稱「仁愛暗沙」，菲稱「Ayungin Shoal」）位於菲律賓專屬經濟海域內，是「具有法律約束力的最終裁決」。因應中菲因仁愛礁補給船不斷升級的衝突，拜登11日還特別指出，「在南中國海對菲律賓飛機、船隻或武裝部隊的任何攻擊都將援引我們的共同防禦條約。」
12日，中國外交部發言人毛寧在例行記者會上對該聲明作出回應，點名批評《聲明》在「操弄集團政治」，表示「堅決反對在本地區搞封閉排他的『小圈子』」，更稱美日菲峰會和三邊合作是「針對中國」的「肆意抹黑攻擊」。她重申「中國對釣魚島及其附屬島嶼、南海諸島擁有無可爭辯的主權，中方在東海、南海的活動正當合法、無可非議」。而對於美日菲三國，她不點名地批評：「部分國家拉域外國家撐腰壯膽，有恃無恐，不斷在海上採取侵權挑釁舉動，引發局勢升溫。個別域外國家煽風點火、挑動對抗，令人憤慨。」
14日，作為美日菲峰會的回應，中國海警船攔截了菲律賓國家測繪和資源信息局的科考船及為其護航的菲方海警船，使其不得不停留約8小時。
據報導，菲律賓的兩艘公務船當時正駛向黃岩島（菲稱「Bajo de Masinloc」）進行水文測量。跟蹤中國在該區域海上活動的開源研究計劃 SeaLight 收集的衛星圖像和船隻跟蹤數據顯示，雙方船隻在「九段線」的邊界相遇，距離菲律賓海岸線僅35海里，且位於菲律賓專屬經濟區內。SeaLight 的負責人鮑威爾（Ray Powell）說：「這確實是史無前例的：就在它們（菲方船隻）越過『九段線』時，他們（中國海警）攔截了它們。」（延伸閱讀：《海上摩擦加劇，中國菲律賓關係滑向寒冬》）
中菲關係圍繞南中國海爭端已持續緊張數月，尤其是衝突最激烈的仁愛礁，使得該地區的局勢一直在升溫。菲律賓1999年起以讓老舊登陸艦「馬德雷山號」（BRP Sierra Madre）擱淺仁愛礁的方式維持其在仁愛礁的存在，且定期派遣補給船前往該艦，而中國則以軍艦巡邏周圍海邊海域來回應。
中菲兩國海警船曾於2024年3月數度在仁愛礁因菲方向「馬德雷山號」運送補給而發生衝突。菲律賓海岸警衛隊發言人塔里拉（Jay Tarriela）3月5日在社交平台 X（前稱「Twitter」）上表示，中方船隻向菲方船隻實施危險的阻攔動作，造成輕微碰撞，並對菲方補給船發射水炮，造成菲方4人輕傷。而中國海警局新聞發言人甘羽則稱是菲海警4407號船「無視中方一再警告，違反《國際海上避碰規則》」，以「不專業、危險方式」，「故意衝撞」中方的海警21555艇，導致發生輕微刮蹭，「責任完全在菲方」。
惟關於中菲就仁愛礁上的擱淺登陸艦是否有過「非正式協定」，日前菲律賓國內對此發生了激烈的爭論。菲律賓前總統杜特爾特（Rodrigo Duterte）在位時的發言人羅克（Harry Roque）4月初表示，馬尼拉和北京在杜特爾特任內達成維持仁愛礁現狀的「君子協定」，即菲方補給船僅運送食物、飲水等補給品，不會運送建材，或是在仁愛礁建設或補強擱淺的登陸艦。（延伸閱讀：《反美親中？杜特爾特政府為何鎮壓反美抗議者？》）
由於「馬德雷山號」隨時間而逐漸鏽蝕，菲律賓開始試圖加固這艘軍艦，避免其鏽蝕解體。中國則持續在周邊海域部署海警與海上民兵船來攔阻菲國船隻靠近仁愛礁，阻撓菲方運送補給，雙方對峙衝突不斷。中菲關於此艦的「非正式協定」疑雲，在當下無異於深水炸彈，震動整個菲律賓政壇。
此事一齣，在菲律賓從議員到政府官員均質疑羅克的說辭，並要求對此事進行問責。11日小馬科斯在飛往華盛頓參加美日菲峰會前否認有這一「非正式協定」，稱：「我們不知道是否有一個秘密協議。我們對此一無所知。沒有文件，也沒有記錄。在我上任時我們並沒有被通報相關情況。」
而中菲關係急劇惡化的當下，菲律賓對中國的提防與戒備也不只在南中國海上。4月5日，菲律賓信息技術部（DICT）稱一些中國公司涉嫌冒充美國或歐洲企業來招募菲律賓現役和退伍軍人。據報導，這些公司一直在網上為其招募目標對象提供分析師的兼職工作。DICT 表示其早在2023年12月就開始監測這些公司的在線招聘情況。
而面對着中菲間軍事力量懸殊的差距與中國在現場壓制菲律賓船隻的態勢，菲律賓也更積極與周邊國家合作。
雖然現任菲律賓總統小馬科斯上台後，中國媒體曾一度回顧獨裁者老馬科斯家族和中國的關係，視之為「老朋友」。但小馬科斯上任後重回菲律賓傳統的親美之餘，更與美國簽署《加強防務合作協議》（EDCA）批准美軍使用菲軍基地；岸田在前首相安倍加強東南亞關係的基礎上加強與菲律賓關係，包括與菲律賓簽訂《互惠准入協議》（RAA），允許兩國軍隊在對方國家進行訓練和演習。在美日菲峰會聲明中，美日兩國指將繼續支持菲律賓海岸警衛隊的能力建設，「為本地區的夥伴國家提供海事執法培訓和支持」以「以應對跨國犯罪、非法、無管制和未報告的捕撈活動」，並計劃在2025年進行聯合演習。（延伸閱讀：《誰在害怕歷史：民主化三十多年後，菲律賓為何選出一個洗白戒嚴史的總統？》）
另據報導，7日澳日菲美四國首次在南中國海舉行聯合海上軍演，四國的防長還同時發布了聯合聲明，稱此舉旨在針對中國在南中國海對菲律賓等國日益強化的軍事脅迫，展示了四國的團結。而據《金融時報》報導，一位東南亞國家的高級外交官表示，日菲在 RAA 的基礎上討論了在菲律賓部署日本軍隊的問題，類似於美國在菲律賓保留軍隊的安排。