2021年5月14日，台灣中央流行疫情指揮中心宣布，單日新增29例本土確診個案、5例境外移入個案；新增的本土確診病例中，有2例為台北市立聯合醫院和平院區的住院病患。
這是台灣自COVID-19疫情爆發以來，單日新增本土確診案例最多的一次。
今天新增的29個本土確診案例中，有5例與蘆洲群聚案（其中1例在高雄檢出，目前已累計24例個案）相關、16例與萬華茶藝館群聚案相關、1 例與宜蘭遊藝場群聚案相關，另有7例尚查無關聯性。
指揮中心發言人莊人祥證實，其中1名確診者為新北市某國中的學生。確診案例已經隔離、相關班級也已停課、將學生予以隔離，不會影響高中會考或招生。
此外，和平醫院的2例確診病患，與「萬華群聚案」相關，兩人分別於5月9日、5月10日因身體不適到和平醫院急診，住院三天後出現喘氣、發燒等症狀，採檢後確診。
繼今年2月發生「桃園醫院群聚感染事件」後，今日又在單日新增確診案例創新高的情況下，再度有醫院發生院內感染，發生地點剛好是18年前爆發SARS疫情遭到「封院」的和平醫院，情勢格外緊張。
2003年，台灣正值SARS（嚴重急性呼吸道症候群）疫情期間，台北市立和平醫院爆發大規模SARS院內感染，由於當時不確定感染來源，導致院內病患、工作人員交叉感染。4月24日，台北市政府宣布和平醫院即刻「封院」，並召回所有醫護、行政人員等醫院員工接受隔離，且醫院員工若有不從，將視為「敵前抗命」，除了祭出強制處分、追究行政責任外，也不排除當場逮捕違反隔離規定者。
由於封院後缺乏配套措施、醫療資源調度混亂，染疫者、未染疫者混處同一空間，導致最後「疑似感染者」有154人（醫護人員57人、民眾97人），並且有31人死亡（醫護人員7人殉職、民眾24人；其中一人為自殺，其餘染疫死亡），慘痛傷亡，讓許多台灣民眾記憶猶新，也是台灣社會對本次防疫政策格外配合、警覺的重要原因。
昨晚，和平醫院傳出有病患確診後，今日上午，台北市政府便召開「和平醫院兩病患確診調查防治記者會」說明疫情，指揮官陳時中台北市長柯文哲連袂出席，強調中央地方會同心抗疫。
面對外界疑慮，陳時中表示，和平醫院「目前沒有封院的問題」，台北市長柯文哲也指出，當年SARS封院、後來桃園醫院也實施過清零計畫，有經驗的累積，（防疫措施）會越來越好，會有一定的步驟讓醫院逐步恢復運作。
有關和平醫院院內感染一案，指揮中心專家諮詢小組召集人張上淳表示，有密切接觸的醫護人員和醫院同仁都會在今天採檢完畢，急診時間有重疊的，也會對其他的病人、陪病家屬進行追蹤，有疑慮的都會採檢。
現場有媒體提問：蘆洲、萬華茶藝館、宜蘭遊藝場幾起群聚案雖有相關，但和平醫院傳出確診、疫情也持續擴大，是否滿足台灣疫情第三級警戒規定中的「單週內三起以上群聚」標準？
對此，指揮官陳時中回覆，由於確診案例之間的關聯性還沒有查清楚，因此目前並沒有準備要升到三級警戒。
（以下為5月13日即時更新內容）
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今天（5月13日）下午，中央流行疫情指揮中心記者會宣布國內新增 13 例本土 COVID-19 確診病例。其中 9 例與蘆洲群聚案相關，3 例與萬華茶藝館群聚案相關，1 例感染源待釐清。
指揮中心指出，蘆洲、宜蘭遊藝場群聚案的病毒基因定序結果，與華航諾富特案染疫為相同的病毒株，研判各群聚案可能是同樣的傳染鏈，但因果關係、誰傳給誰還需要進一步釐清。
根據疫調，蘆洲群聚案中，有部分個案曾至台北市萬華區茶藝館活動；萬華茶藝館群聚案相關個案中，也有個案曾至宜蘭縣礁溪鄉、宜蘭市的遊藝場活動，該兩家遊藝場為羅東「銀河百家樂遊藝場」的分店。指揮中心強調，衛生單位將持續深入調查，以釐清三起群聚事件的關聯性。
此外，由於台北市萬華區的遊客眾多、出入複雜，感染風險升高，副指揮官陳宗彥表示，將針對4月15日至5月12日出入萬華特定區域內（邊界：康定路、和平西路三段、梧州街、桂林路）的民眾發送疫情警示簡訊，下午兩點起已發送 60 萬則。
指揮官陳時中進一步補充，由於萬華群聚個案的足跡相對複雜，簡訊是針對高風險接觸者進行匡列，收到簡訊者建議去採檢；若有症狀，務必正確佩戴口罩、儘速就醫，避免搭乘大眾交通工具，就醫時也應主動告知醫療人員相關暴露及接觸史。
端傳媒記者提問，華航諾富特群聚案之後，航空機師的檢疫會不會有所調整？此外，華航表示機師檢疫至少會影響1成的貨運進出口，這部分政府是否有應對措施？
對此，陳時中回應，華航的貨運可以調配得過來，「沒有問題，」陳時中解釋，「機師檢疫時間越長、（出勤）受限制時間也越長，（與貨運）是彼此消長的關係，這部分相信華航或會做妥善的安排，因為華航最專業。」
不過，陳時中也再次強調，機師居家檢疫完後，一定要確認檢驗陰性，才能進入社區。
就在指揮中心召開記者會說明疫情的同時，台灣高雄興達電廠因事故而停機，導致系統供電不足，將進行緊急分區輪流停電。下午3點19分，疫情指揮中心召開記者會途中，現場突然跳電、陷入一片黑暗，全場一片驚呼，陳時中在內的指揮官員，全都愣在發言桌上，尚來不及反應，只有在場的媒體大呼「發即時」的喊聲。
約十秒後，指揮中心發電機啟動、記者會場地恢復照明，工作人員在確認音響、麥克風的同時，與會官員立刻起身離開，並未就停電一事多做說明。除了記者會的禮堂空間外，在下午四時左右，位於台北精華地帶的台灣疾管署（指揮中心所在地）大樓其餘區域仍是一片黑暗。
（以下為5月12日即時新聞內容）
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2021年5月12日，台灣中央流行疫情指揮中心宣布，單日新增16例本土確診案例、4例境外移入，尚有1例在調查當中。這是台灣繼今年2月「桃園醫院群聚感染事件」危機解除以來，單日新增本土確診病例最高的一次。
早在前一日，指揮中心指揮官陳時中便已向外界宣布，台灣疫情已經正式進入社區感染階段。陳時中並宣布，台灣進入第二級警戒，即日起至6月8日暫停辦室外500人以上、室內100人以上集會活動。
12日下午，總統蔡英文也於指揮中心記者會之前，特別針對疫情最新變化發表公開談話。蔡英文表示，目前台灣防疫物資、醫療系統皆充足，疫苗也會陸續到位，將協調相關部會和地方政府共同強化防疫措施；同時，她也呼籲民眾不要恐慌，提高警覺、遵從指引，勿被假訊息誤導，特別請民眾「先查證訊息再轉發」。
在11日指揮中心的例行記者會中，便已公布單日新增 7 例本土 COVID-19 病例，讓台灣社會感受到疫情危機。在11日公布的確診案例中，有1例來自「華航機師案」的同住家人，其餘6例「感染源不明」，分別來自新北市蘆洲的社區感染事件，以及宜蘭羅東的「遊藝場群聚」事件。
這一波疫情始於4月20日，中華航空發生一起機師確診案例，接著，鄰近機場、作為華航員工防疫宿舍的「諾富特華航桃園機場飯店」，爆發集體染疫的事件，連同華航機組員、飯店員工以及確診者的同住家人，陸續有 36 例確診。
但在華航諾富特案之外，其他6起本土確診案例，包括宜蘭羅東銀河遊藝場的員工、常客共 5 名確診者，以及 1 名足跡曾至新北市蘆洲的民眾，近期全都沒有出國史，感染源仍在調查當中。
今天的 16 例本土確診案例中，有 3 例為宜蘭遊藝場相關案例，包括一位遊藝場員工以及前一天確診案例的接觸者，近期皆沒有出國史。目前，宜蘭遊藝場群聚事件已累計 8 例，確診者足跡遍及宜蘭羅東鎮、礁溪鎮、冬山鎮、宜蘭市。
與新北市蘆洲社區感染相關的案例，則新增 10 例接觸者確診。另有有 2 例於新北市中和區、台北市萬華區檢出，兩人分別在萬華區的「鴻達茶藝館」、「楓香清茶館」工作，還有 1 例於基隆長庚醫院檢出，此三人近期也都沒有出國史。指揮中心表示，新增確診者的個案活動史及接觸史，仍在持續調查中。
指揮官陳時中表示，由於疫情升溫，指揮中心將強力檢查高風險場所是否遵守防疫規定，全國無法落實防疫管理的場所，應暫停營業。此外，為了因應驟增的確診案例，指揮中心也將恢復部分停止檢疫的站點、擴大匡列接觸者，以加速通報疑似案件，並擴增防疫旅館。
陳時中今日稍早表示，現在國內有不只兩條隱形傳播鍊，疫情非常嚴峻，「不是開玩笑」，近日有可能將疫情警戒提升至台灣前所未有的「第三級」警戒。
根據指揮中心的「疫情警戒標準及因應事項」，第三級警戒的條件為「國內單週出現 3 件以上社區群聚事件，或 1 天確診 10 名以上感染源不明的本土病例」。
過去，規模較大的染疫事件（如部立桃園醫院），多發生機場所在地、出入境人員染疫風險高的桃園市；如今，感染源不明的確診案例，已經擴及新北市、宜蘭、基隆等北台灣各縣市。
今年 1 月，桃園醫院群聚感染事件曾累計 21 例確診，並導致 2 人染疫死亡。當時，指揮中心人員進駐桃園醫院成立「前進指揮所」，清空相關樓層、嚴格管制各區域進出，全院患者只出不進，並啟動「清零計畫」，核酸檢驗（PCR）採檢超過 3000人、居家隔離超過 4000人，歷時超過一個月才解除危機。
如今，華航及諾富特感染事件已累計超過 36 例確診，規模超越年初的桃園醫院群聚感染，再加上數組感染源不明的社區感染，台灣疫情形勢之嚴峻，可謂前所未有。
針對華航諾富特染疫事件，疫情指揮中心實施「清零計畫2.0」，中華航空公司也宣布會配合指揮中心，將華航空勤組員分組，分批安排居家檢疫14天，透過分組調派人力，儘量維持客貨營運。華航強調不會全面停飛，但初步估計將影響 1 成多的貨運運能。這是否會影響台灣在疫情中的貿易轉口地位，甚至影響晶片與民生物資運輸，尚有待觀察。
這一波疫情，有望讓台灣人的疫苗接種意願大幅提高。台灣民眾原本對疫苗持觀望態度，疫苗接種率偏低，可能成為新一波疫情蔓延的隱患，自3月22日開打疫苗以來，至5月10日為止，累計接種人數僅10萬1376人，疫苗接種率不到 1%。
根據報導，台大醫院兩週內的公費、自費疫苗預約名額均已額滿，且院內員工的施打意願明顯提升；私立振興醫院也指出，疫苗開打初期，一天的接種人次只有20至30人，5月10日群聚感染爆發以來，接種人數明顯上升、成長率達三倍以上，目前公費疫苗的預約已爆滿。
疫情升溫，上午一度傳出指揮中心將於今日將升至第三級警戒，台股盤中一度大跌1417.86點、跌幅達8.55%，雙雙創下歷史紀錄。除了恆大、康那香等口罩、防疫相關概念股漲停之外，其餘多下跌甚至跌停作收。台灣國安基金呼籲，投資人要保持冷靜。