公元5012年,外星人入侵地球,幾乎完全摧毀人類文明。僅存的人類逃往月球,守護地球的是人造人(Androids)——人類創造的機器人。它們與外星人製作的機械生命(Machines)軍團作戰,一戰就是數千年。
作為玩家,我們扮演來自地球的人造人:戰鬥型人造人2B和分析型人造人9S。剛剛出場的她們被委以相同使命:消滅地球上所有外星人與機械生命,協助人類重返母星。要到任務開始多年以後,當人造人2B知道這個使命源自一個巨大的謊言,她才會想起與機械生命「波伏娃」的殊死一戰、乃至整個任務根本沒有那麼偉大的意義。
「波伏娃」不是普通的機械生命,它煞費苦心模仿人類行為,打扮成女人模樣:美麗面具、紅色蓋頭、鮮豔裙裝,身上還掛著人造人的屍體作為裝飾。一見面,它就朝著2B和9S發出慘烈的鳴叫,不斷發射出球型彈幕和跟蹤導彈,疾速進攻。戰鬥正酣,它忽然機械地扭動身體,發出巨大的聲波:「我……我……要變得更美麗!!」霎那間,場上出現無數人造人的屍體,他們都被「波伏娃」改造成武器,向2B和9S發起攻擊。「波伏娃」的哀鳴一聲慘過一聲:「變得更漂亮……變得更漂亮……更漂亮……」最終,「波伏娃」不敵主角進攻,身上的裝飾被焚燒一空,光禿禿的機械殘骸散落一地。
這本當是一場正義的勝利——人類創造的人造人消滅對方一員大將,推進人類重返地球的龐大計劃。然而一切並沒有那麼簡單。