辱罵美國總統奧巴馬的風波剛剛平息，菲律賓總統杜特地（Rodrigo Duterte）要求駐菲美軍撤離的言論，再次讓美菲關係蒙上陰影。9月12日杜特地在官員就職典禮發表演說，稱駐扎在菲律賓南部棉蘭老島（Mindanao）的美軍可能成為伊斯蘭極端組織阿布沙耶夫（Abu Sayyaf）的綁架目標，「我不想（菲律賓）和美國出現裂縫，但他們必須離開。」
杜特地的發言人 Ernesto Abella 指出，總統的發言反映菲律賓正計劃打造獨立的外交政策。Abella表示，杜特地認為正是由於20世紀初美軍曾在該地區屠殺穆斯林，棉蘭老地區才成為穆斯林反政府的温床，「美國在這一問題的沉默與其『道德』立場缺乏一致性」。
只要我們和美國站在一邊，我們在那個島上就永不會有和平。
菲律賓是美國在東南亞地區的傳統盟友，而除了在二戰中短暫被日本佔領，菲律賓從1898年到1946年都是美國的殖民地，直到二戰結束方迎來獨立。冷戰結束時，兩國關係一度降温，但在2001年美國推出反恐戰略及之後南海局勢緊張後，雙方又迎來回暖，並在菲律賓前總統阿基諾三世執政期間達到高峰。
美國國務院發言人 John Kirb 表示，並未收到來自菲律賓政府的正式撤軍要求，美國政府將維持與菲律賓的盟友關係。美國國防部發言人 Gary Ross 則形容美國和菲律賓的關係「是我們在亞太地區最持久和重要的關係」和「過去70年穩定的基石」，並表示美國國防部將繼續為菲律賓提供協助。
而杜特地所指的阿布沙耶夫組織，是由伊斯蘭恐怖分子所組成的摩洛人分離主義組織，主要勢力範圍在菲律賓南部，曾多次綁架外國遊客。由於與阿布沙耶夫和談無果，近期菲律賓軍方部署7000餘名士兵，計劃將其徹底剿滅。然而，就在9月2日，杜特地曾出任市長20年的菲律賓南部城市達沃（Davao）發生爆炸，造成14人死亡70人受傷，阿布沙耶夫一度宣稱對這次爆炸襲擊負責。9月10日晚，3名馬來西亞船員又在沙巴以東水域被擄走，此事同樣被懷疑與阿布沙耶夫有關。
為了協助菲律賓政府打擊阿布沙耶夫組織，美國從2002年在菲律賓南部駐扎軍隊，為菲律賓軍隊提供訓練和建議。最高峰時駐菲部隊人數有1000人。美軍從2015年2月陸續撤走，目前只留有少量顧問和技術支援團隊。
杜特地的措辭也引來部分菲律賓政治家的反對。前海軍官員 Antonio Trillanes IV 認為總統的判斷受到情緒影響，「杜特地總統的反美偏見不應改寫我們的安全政策。美軍特種部隊對於發展和有效提升我們（的軍事實力）是基礎性的。」
由於上台後採取鐵腕政策處決毒販，杜特地政府近幾月受到多方譴責。其中，美國國務院發言人曾在8月8日批評杜特地令執法人員射殺毒犯的行為「令人擔憂」，聯合國更在8月發布報告，批評杜特地政府未經審判處決涉毒嫌犯，涉嫌侵犯人權。美菲關係也因此遇冷，而杜特地更揚言退出聯合國。