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7月20日，土耳其總統埃爾多安（Recep Tayyip Erdoğan）宣布全國進入為期3個月的緊急狀態，並下令政府採取措施，徹底剷除涉及軍事政變的「恐怖分子組織」。埃爾多安強調，頒布緊急狀態令是必要措施，沒有違反民主、法治和自由的原則。
儘管這場軍事政變在爆發後僅數小時已被挫敗，但埃爾多安在20日接受半島電視台訪問時稱，仍聲稱政變尚未完全結束，國家仍然面臨「恐怖分子」的威脅，並聲言要肅清軍隊內的「病毒」。
根據土耳其現行憲法，緊急狀態令每次可最長實施6個月。進入緊急狀態後，總統可行使頒布法令的權力，包括實施宵禁、禁止集會或示威活動、管制媒體等；同時，安全部門人員可搜查屬於私人的物業、車輛等，並充公證物。另外，當局亦可延長扣押嫌犯，包括在今次軍事政變後被逮捕的近1萬人。
外界擔憂，埃爾多安藉着頒布緊急狀態令加強肅清異見人士。德國外長施泰因邁爾（Frank-Walter Steinmeier）就促請土耳其政府在調查政變期間依法行事，並且在狀態恢復後盡快解除緊急狀態令。
7月20日報導：土耳其政府擴大肅清行動，逾3.7萬名教育界人士受牽連
土耳其政府在挫敗軍事政變後，已經連續數日在全國範圍內進行肅清行動。7月19日，這場行動波及教育界，約15200名教育部職員被革職，1577名大學院長或學系主任被勒令辭職，約21000名私立教育機構的教師被撤銷牌照。
同日，土耳其政府還辭退了257名總理辦公室的職員、492名在宗教事務管理機構任職的教士、399名家庭與社會政策部的職員。土耳其媒體監管機構亦宣布，共24間傳媒機構因與費特胡拉·居倫（Muhammed Fethullah Gülen）有聯繫，而被撤銷牌照。
費特胡拉·居倫
在19日之前，土耳其政府已經拘捕了約6000名軍人，辭退了約8800名警員、1500名財政部職員、約2700名法官。他們都被指和政變有關，或者被指是居倫的支持者。
土耳其總理耶爾德勒姆（Binali Yildirim）聲言，當局會將「恐怖主義機構」連根拔起，阻止他們再次背叛土耳其人民。
這個恐怖主義機構，將不能再發揮任何作用。我們會將他們連根拔起，不會再有任何秘密的恐怖組織，能再次背叛我們的人民。
土耳其政府早前已向美國提出引渡居倫回國的要求，並強調提供的資料和證據充足，如果美國視土耳其為盟友就應當批准引渡。19日，美國白宮發言人厄內斯特（Josh Earnest）證實美國已經收到土耳其發出的文件，將交由美國司法部及國務院研究，才決定是否接納其作為正式引渡申請。
厄內斯特又稱，美國總統奧巴馬與土耳其總統埃爾多安（Recep Tayyip Erdoğan）於19日曾通電話，雙方有談及居倫的問題。厄內斯特指，奧巴馬在電話中對埃爾多安重申，美國會協助土耳其調查政變，但敦促土耳其當局在調查期間必須保持克制。
而目前居於美國賓夕凡尼亞州的居倫則發表聲明，否認自己涉及今次政變，並要求美國拒絕土耳其提出的引渡申請。居倫此前曾指，這次政變不排除有可能是由埃爾多安「自導自演」，目的是為了進一步打壓和檢控他在土耳其的追隨者。
另外，埃爾多安日前接受媒體專訪時稱，將交由國會決定是否因應今次政變而在土耳其恢復死刑。19日，總理耶爾德勒姆已會見了部分在野黨領袖，其中民族行動黨黨魁已經表明，如果執政的正義與發展黨（AKP）提出恢復死刑，他們會支持。
就土耳其可能恢復死刑，國際特赦組織（Amnesty International）表示，發動政變的人應受法律制裁，但以恢復死刑來恐嚇異見者是不符正義的手段。
國際組織「人權觀察」（Human Rights Watch）則質疑土耳其肅清行動的規模，並指「土耳其政府有權拘捕參與政變的人，但按目前拘捕行動的速度和規模來看，不像是基於證據而採取的法律行動，而更像是（埃爾多安）清除異己的肅清行動。」