當我們談論清潔能源時，往往更關注於某種能源是否排放或排放多少污染物，卻容易忽略能源產生過程中可能消耗大量水資源。在開發潔淨能源成為國際新趨勢後，一些地區卻因此而面臨水質變差或日益乾旱等問題，越來越引發國際社會關注。
能源生產耗水巨大，尤其體現在冷卻熱能發電等方面。國際能源署2012年發表的《國際能源展望》曾指出，2010年全球用於能源生產的抽水量達583億立方米，佔全球抽水總量的15%，僅次於農業；其中66億立方米水資源被徹底消耗掉或變成廢水，而無法返回水循環系統。
生物燃料作為一種可再生能源，就比傳統燃料耗水更多。因為生物燃料主要來自於農作物，需要大量水來灌溉，且在使用後需要進行洗濯和冷卻。國際能源署數據顯示，每生產一單位的能源，使用生物燃料比使用化石燃料的抽水量和耗水量都要高出10至100倍。
雖然生物燃料的用水量相對於全球用水總量來說並不算多，但表現在局部地區仍有可能造成水資源危機。國際水資源管理機構（International Water Management Institute）2008年的報告就指，埃塞俄比亞發展種植甘蔗作為生物燃料的原料，雖然增加了當地農民收入，但同時也對依賴青尼羅河水源的棉花和糧食種植帶來壓力。
生物燃料
此外，利用聚光太陽能熱發電（Concentrating Solar Power, CSP）也少不了要用大量水，尤其在冷卻方面。國際能源署就表示，濕式冷卻塔與使用化石燃料或核電等類似，都會消耗大量水資源。
但芝加哥西北大學法學院環境倡議中心總監 Nancy C. Loeb 表示，並非所有可再生能源都需要大量用水，例如利用風能和太陽能光伏（Photovoltaics）發電就幾乎不需要水。不過她也認為，在制訂能源政策時，最重要的是平衡耗水量和產生的能源量。