6月29日，在英國缺席之下，歐盟27國領袖在比利時首都布魯塞爾召開第二日的峰會，並同意團結一致應對英國脫離歐盟。
歐洲理事會主席圖斯克（Donald Tusk）會後指，如果英國希望日後留在歐盟單一市場，就必須容許歐盟勞動人口自由進出英國；德國總理默克爾（Angela Merkel）也表示，歐盟不會因英國脫歐而修改基本條約，又重申「（英國）要留在單一市場，就必須接受歐盟全部四項自由原則（資本、勞工、服務與貨物的自由流動）」。早在28日，她已經明言不能「只挑好處」（cherry-pick），提醒英國不能期望移民政策自主及單一市場資格兩者兼得。
法國總統奧朗德（François Hollande）則提出，英國脫歐後，歐元結算中心沒有理由繼續設於倫敦，並提醒歐洲各國必須做好準備，減少英國脫歐後帶來的經濟衝擊。他又敦促英國在今年秋天新政府組成後，立即正式向歐盟通報脫歐意向，以啟動《里斯本條約》第50條的脫歐進程，並展開與歐盟的談判。
另一方面，在公投中以留歐票佔多數的蘇格蘭，仍未放棄尋求留在歐盟。蘇格蘭首席部長斯特金（Nicola Sturgeon）於29日就到了布魯塞爾，與歐盟委員會主席容克（Jean-Claude Juncker）等會面，闡述蘇格蘭的留歐意願，並希望游說對方支持。
斯特金結束行程前表示，假如蘇格蘭獨立是維持與歐盟關係的唯一方法，蘇格蘭民眾有權作出決定；在英國此次公投之後，她已表明將再一次推動蘇格蘭「脫英」獨立的公投。
儘管容克指蘇格蘭民眾留歐的意願有權被聽見，不過也強調歐盟無意干預英國內部事務；法國及西班牙亦已表明，反對蘇格蘭單獨與歐盟商討留歐問題。
聲音
目前的關鍵任務，是確保能最大限度地進入歐盟市場，同時與歐盟就英國自行管控移民達成必要的一致⋯⋯在新政府同意談判立場之前，英國不應該（向歐盟）發出正式的脫歐通告。
我徹底地反對（蘇格蘭獨自與歐盟商討留歐問題），歐盟條約也徹底反對，我想所有人也會反對。