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6月20日，香港特首梁振英在特首辦與保安局局長黎棟國一同會見傳媒，回應銅鑼灣書店事件。梁振英表示，會就事件做三項措施，一是去信中央反映港人憂慮，二是檢討香港與內地的通報機制，三是有需要會安排官員到內地跟進。
梁振英說，特區政府一直嚴格按照基本法和一國兩制處理香港特區事務。他強調，基本法只授權香港的執法機關在香港執法，因此香港以外的任何執法機關，包括內地和外國執法機關，都無權在香港執法。因此，所有境外人員在港執法，是違反香港法律，不能接受。
此外，梁振英還重申，特區政府一直重視銅鑼灣書店事件，警方也有立案調查，並主動透過現有機制向內地相關部門查詢、要求協助。他還指，上週林榮基開記者會後，警方已經立即主動聯絡林榮基，希望了解事件的始末和真相，並為林榮基提供協助，確保他的人身安全，目前正等待林榮基答覆。
梁振英又指，20日早上召開記者會前，已就銅鑼灣書店事件召開了跨部門會議，他剛剛結束休假回港。
6月17日報導：李波臉書「澄清」林榮基說法，建制派反指林「一面之詞」
銅鑼灣書店店長林榮基在6月16日晚上關於自己被內地官方拘捕內幕的發言，引起軒然大波。
中國外交部強調內地部門「有權依法處理」林案，曾關押林的寧波警方則否認曾強迫林榮基不得聘請律師；有香港泛民主派議員計劃在立法會大會提出緊急質詢討論銅鑼灣書店事件，而一名建制派議員則批評這只是林的「一面之詞」。
人在香港的銅鑼灣書店另一股東李波，17日中午在個人 Facebook 寫道：「本來不想再說，但林榮基說的一些話，我不得不澄清一下」。
他澄清內容包括三點：一，他「從來沒有使用過銅鑼灣書店的電腦，更沒有打印過任何顧客名單，當然不可能把什麼名單交給公安。」；二，「我在和林榮基談話時，根本沒有提到過我怎樣返回內地的事，更沒有跟他說過『非自願被帶返內地』或類似的話」；三，這段期間，他配合調查的是寧波公安機關，沒聽說過「中央專案組」這回事。
他還指今天去找他的記者很多，但他要說的都說過了，「希望大家能給我和我的家庭一點安寧和私隱」。林榮基16日晚在記者會上指，李波當日早晨私下跟他透露是「違反自己意願被帶走」，且李波曾將銅鑼灣書店的讀者訂書資料依中央要求帶回內地，使內地掌握500到600名讀者資料，而提審他的人既不是國安、軍人，也不是公安，而是「中央專案組」。
由於林榮基先生事件影響，由即日（2016年6月16日）開始，本店不會保留任何會員購書記錄，
寧波公安：林榮基已認「非法經營罪」
在銅鑼灣書店案中常常能拿到「獨家」報導的星島日報，則在17日的報紙中引述了寧波市公安局一名負責林案的警員。警員指林榮基等人「在明知違反內地法律的情況下，長期向內地非法銷售大量未經內地有關部門許可的書籍」，涉嫌「非法經營罪」。報導還指，早在2012年9月，林榮基就曾因為攜帶非法書籍入境，被羅湖海關行政處罰。
星島引述該警員說，2015年10月24日，林榮基在入境羅湖口岸會見其女友胡某時，被公安機關「依法採取強制措施」。警員指胡某是林榮基非法經營案的涉案人員，而林榮基和胡某是出於「自身的原因」才主動寫了不聘請律師、不會見家人的聲明。但林榮基在6月16日記者會上的說法則是，到寧波以後對方要求他簽署這兩項聲明，而自己是「孤零零一個人，唯有籤紙」。
報導還稱，林榮基在2013年10月到2015年10月，用偽裝封面等手段，直接郵寄或由在內地的胡某等人轉寄書籍，把書籍銷售給內地購書人，並通過內地銀行卡收款。該警員稱林榮基已經認罪，並書寫了認罪悔過書，隨後被取保候審。
林在16日的發布會上稱自己一再表示希望回港見到家人，但該警員對星島日報表示是林榮基自己提出與妻兒關係不和，因此在香港居住困難，從而請求公安機關幫助。
林榮基於6月14日返港，該警員指是公安機關根據林的申請同意他回港處理個人事宜，但「鑑於林目前的情況」，辦案部門將「適時提請啟動與香港警方的相關工作機制」。
中國外交部指「有權依法處理」林榮基
17日下午，中國外交部發言人華春瑩在北京回應林榮基事件，指寧波公安機構已經接受一家香港傳媒採訪澄清事件，又指「林榮基是中國公民，他在內地違反中國法律，中國部門當然有權依法處理」。華春瑩還否認林榮基所說的李波涉被跨境執法，指李波已經「通過某種方式否認林榮基的說法」，又指中國政府貫徹一國兩制的決心堅定不移。
由於特首梁振英正在外休假，因此港府由署理特首曾俊華出面表態。被問到此事有否影響一國兩制時，他重申香港以外的執法人員若在港執法是不合法，港府不能接受。
同日上午，香港政府發表新聞稿回應傳媒查詢，指警方正在主動聯絡林榮基了解，並會做適當的跟進。港府指香港警方曾在林榮基14日返港後在口岸接觸他，當時林要求銷案，並指無需香港政府或警方協助。但林榮基在16日記者會上被問到有否尋求香港警方協助時，指警方不站在市民一邊，也不知港府救過什麼人。
中國官媒環球時報則在17日的報紙上發表社評《銅鐵灣店長「翻供」的實質內容不多》，指林榮基的話「顯然提供了全面質疑銅鑼灣書店失蹤五子案件的最新炮彈，讓內地執法部門看上去有些被動」，包括指李波被「跨境執法」從香港抓走，但卻沒有提供證據，李波本人也不是這麼說的。
報導還指林榮基的記者會「至少證實了他在內地沒有受到虐待和刑訊逼供，這與一些人憑空想像的內地執法人員會粗暴對待林榮基等被抓者的情景顯然不一樣」，又說林榮基承認是在深圳被捕，這說明內地警方對違反內地法律的林榮基採取強制行動，是「符合法治原則」。
不過，這篇報導的網絡版已在17日中午時被刪除。
實質內容不多？那說明還是有一點的。
香港多團體譴責、示威，泛民將約見林鄭月娥
16日記者會後，香港泛民主派政黨公民黨發表聲明，指事件是「回歸以來最嚴重的政治擄劫事件」，批評「中央政府無視一國兩制」。聲明還譴責中央政府「捏造事實」，「掩飾政治擄劫事件」，要求港府嚴正要求中央保證不傷害林榮基及其他銅鑼灣書店的相關人士，並就跨境執法事件向中央嚴正交涉，要求中央向港府轉交涉案公安，由香港律政司檢控。
公民黨還提出，必須成立專責委員會徹查事件，一有結論就向市民交代及公開道歉，涉事和知情的官員應立即問責下台。公民黨黨魁樑家傑說，泛民將在下週的立法會大會上提出緊急質詢，並約見政務司司長林鄭月娥等人。
民主黨立法會議員、立法會保安事務委員會委員涂謹申則認為，內地要求林榮基交出寄書紀錄，就反映出對方並非只著眼於林帶禁書回內地的問題，加上內地也沒有禁書名單，沒有明文規定不能說哪些言論，「以這樣的角度實踐一國兩制，令香港不知如何自處」。
而親政府的建制派議員則多迴避媒體採訪。港區全國人大代表劉佩瓊對明報表示，「事情太複雜，非我所能理解。」而全國人大代表、民建聯立法會議員葉國謙表示， 林榮基是因違反內地法例被拘留，內地做法並無抵觸基本法，看不到涉跨境執法，立法會無理由跟進。
聲音
林榮基鉅細無遺披露細節，差不多確認了越境執法的存在，很難否認，內地當局也無依據憲法處理，是嚴重衝擊一國兩制，對香港人信心造成負面影響。
現時只是一面之詞，點知你真定假（怎麼知道你是真的還是假的），開記者會亦無拿出真憑實據。
林一回到香港就開這個記者會，並且不擔心自己的安全，這從一個側面也證明了香港的自由。香港一些輿論宣稱銅鑼灣書店案使得「一國兩制」從此「不復存在」，他們在做此批評時應當悠着點。