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1月24日，山東省濟南市中級人民法院對去年曝光的山東非法疫苗案主要案犯龐紅衞、孫琪母女二人一審宣判。
法院認定，兩人違反國家規定，未經許可經營疫苗等藥品，嚴重擾亂藥品市場秩序，情節特別嚴重，其行為均已構成非法經營罪。龐紅衞被判處有期徒刑15年，並處沒收個人全部財產，與前罪刑罰並罰，決定執行有期徒刑19年，並處沒收個人全部財產；孫琪被判處有期徒刑6年，並處沒收個人財產人民幣743萬餘元。扣押在案的疫苗等藥品予以沒收。
龐紅衞曾因非法經營疫苗被以非法經營罪判處有期徒刑3年，緩刑5年。但在緩刑期間，龐紅衞在未取得藥品經營許可證等資質、不具備經營條件的情況下，再次非法經營疫苗等藥品。
濟南中院表示，2013年6月至2015年4月間，龐紅衞先後在山東聊城、濟南天橋區等地僱傭人員、租賃倉庫，從國內多地購進凍幹人用狂犬病疫苗、b型流感嗜血桿菌結合疫苗、乙型腦炎減毒活疫苗、口服輪狀病毒活疫苗及乙型肝炎人免疫球蛋白等多種藥品，存放在不符合疫苗等藥品冷藏要求的倉庫內，銷往中國各地，並以「保健品」等名義通過不符合冷藏要求的運輸方式發送疫苗等藥品，銷售金額合計74970966元。2014年9月至2015年4月間，孫琪在明知其母親龐紅衞非法經營疫苗等藥品的情況下，參與從事記賬、收發藥品、辦理銀行轉賬等經營活動，參與的銷售金額合計42666272元。
2016年4月14日報導：山東非法疫苗案：357人被問責，202人被刑拘，一二類疫苗將併軌管理
備受公眾關注的山東非法疫苗案於上月曝光後，中國國務院總理李克強曾要求徹查非法疫苗的流向和使用情況，打擊違法犯罪行為，以及對失職瀆職行為問責。4月13日，國務院常務會議通報稱，已對國家食品藥品監管總局、國家衛生計生委和山東等17個省、自治區、直轄市的相關責任人予以問責，目前共有357名公職人員被處以撤職、降級等；而國務院批准成立的聯合調查組在各地立案刑事案件192起，刑事拘留202人。
會議通過了《國務院關於修改〈疫苗流通和預防接種管理條例〉的決定》，將本次涉事的第二類疫苗（由民眾自費、自願接種）比照第一類疫苗（由政府免費、強制接種）管理，納入省級公共資源交易平台集中採購，不再允許藥品批發企業經營疫苗。
國務院還決定，將加大處罰及問責力度，對非法購買銷售、未按規定儲運疫苗等行為提高罰款金額，增設對責任人員的禁業處罰，增加地方政府及監管部門負責人引咎辭職的規定。
世界衞生組織經過科學論證認為，不正確儲存或過期的疫苗幾乎不會引起毒性反應，因此本事件的疫苗安全風險非常低。但相關部門必須要確立這樣一種意識：『風險低』不等於『完全沒有風險』。必須依法『鐵腕』打擊犯罪行為，對相關失職瀆職行為嚴肅問責、絕不姑息！
據國家衛計委透露，未來省級疾病預防控制機構組織集中採購二類疫苗後，將由縣級疾控機構供應給轄區內接種單位，接種單位不得直接向疫苗生產企業購買。而在疫苗冷鏈管理方面，藥品監管部門將制定疫苗生產、儲存、運輸的操作規範，加強冷鏈運輸管理。
一類和二類疫苗併軌管理政策實施後，二類疫苗的流通體系、追溯制度、使用環節等都將發生巨大變化，其質量管控及疫苗行業格局也將產生重大影響。在此之前，二類疫苗由於涉及諸多生產、批發、流通和銷售企業，在監管不到位時極易出現漏洞。
財新網報導稱，二類疫苗的收入在很大程度上決定了疾控中心及其人員的收入，因此地方疾控機構在調撥二類疫苗的過程中層層加價以獲利，有時還會從非法商販手中購買低價的「問題疫苗」。而疫苗銷售人員為完成業績，常常會想辦法賣給不具備經營資質的個人或團伙。
北京鼎臣醫藥管理諮詢中心創始人史立臣認為，企業和監管部門若真心想查疫苗出處和流向是有辦法的，因為所有疫苗的數量、流向都有備案，「關鍵是願不願意做」。
「問題疫苗事件志願律師團」成員陳建剛律師則表示，當局的處理結果是一場「表演」，他聲稱自己由於參與幫助問題疫苗事件受害者維權，最近正在被當局詢問和警告。
該律師團共有成員89人，他們於4月9日曾向全國人民代表大會、國務院、最高人民檢察院、衛計委和消費者協會發表了一封聯署公開信，要求允許集團訴訟、完善醫療事故鑒定機制以及建立藥害救濟基金。律師團成員表示，相關部門尚未對這封公開信做出回應。
聲音
前些年「三聚氰胺」事件對整個奶粉行業造成的衝擊至今仍有影響。我們決不能讓類似事件再次發生。如果我們遲遲不能把「中國製造」打造成金字招牌，老百姓就會用腳投票，去購買自己信得過的產品！
中國疫苗生產業和在中國政府的免疫注射計劃下的疫苗都是安全的，但是在私營企業間還略有漏洞，這次案件主要是因為這些從私人市場出售的疫苗沒達到標準。
（有關當局）問過我這個事情，也有一些對我的建議吧，建議我對媒體說話謹慎一些……接受媒體採訪有選擇性，說話的時候要注意一些，儘量不要說一些他們認為的過激的話。