匈牙利繼9月份關閉接壤塞爾維亞的邊境後，在10月16日午夜，又全面關閉了接壤克羅地亞的邊境，以堵截難民非法闖關。克羅地亞開始將大批滯留該國的難民送往西邊的斯洛文尼亞。斯洛文尼亞政府稱，每天可以接收最多８千名難民，暫時有能力應對。
在匈牙利邊境地區扎卡尼（Zakany）的非正式入境通道，最後一批約1500名難民自克羅地亞乘坐火車，趕及在當地時間16日午夜前抵達。匈牙利軍警隨即修築該段鐵絲網欄柵，長達約300公里的匈克兩國邊境正式關閉。
匈牙利政府發言人 Zoltan Kovacs 稱，「措施旨在保障歐洲內部自由，以及匈牙利、歐洲公民的安全」，他又解釋，當局關閉了讓經濟移民入境的「綠色邊境」，但持有合法文件的難民依然可以循兩個官方邊境檢查站通關。
有報導指，匈牙利是因為不滿最新一輪歐盟峰會所定出的難民方案，而採取進一步關閉邊境的措施。邊境關閉前幾個小時，匈牙利外長 Peter Szijjarto 明言，由於歐盟峰會並未決議通過保護希臘與申根區以外地域的邊境，因此匈牙利必須關閉邊境，以保障申根國家的邊境安全。
歐盟於15日召開峰會，本來已與土耳其達成解決難民危機的合作計劃，但土耳其隨後因援助金額問題，反口稱計劃仍在草案階段，匈牙利因此質疑歐盟與土耳其合作的成效。此外，匈牙利在峰會上提出合作計劃應包括派遣一支安全部隊前往希臘、土耳其負責堵截難民，最終未獲其他成員國支持，也被認為是導致匈牙利不滿的原因。
匈牙利政府採取了一些措施，以維護歐洲內部的自由，及保障匈牙利、歐洲公民的安全。
早在9月份，匈牙利已經關閉了接壤塞爾維亞的邊境，滯留塞爾維亞的難民於是轉往西邊的克羅地亞，並從那裏繼續湧入匈牙利。如今匈牙利關閉接壤克羅地亞的邊境後，滯留克羅地亞的難民只能再一次往西邊尋找出路，斯洛文尼亞將成爲必經的下一站。
據 BBC 報導，17日清晨，第一批約2700名難民已經抵達斯洛文尼亞；當局為難民登記，並為其中大部份人安排交通工具，送往接壤奧地利的邊境。17日下午，已經有第一批取道斯洛文尼亞的難民抵達奧地利。
我們將加強關注國家及國民的安全問題，以確保本國能正常運作……但要強調一點，目前本國並不處於緊急狀態。
斯洛文尼亞外長 Karl Erjavec 稱，該國有能力每天接收最多８千難民，以及移送最多5千難民往奧地利，但若超出這個預算，後果難以想像。斯洛文尼亞政府為了控制難民潮，已經關閉所有往來克羅地亞的鐵路服務，並加派軍隊到邊境維持治安；但也同時與克羅地亞商議，儘快開放數個臨時邊境通道，加快處理難民過境。
這些來自中東、南亞的難民，絕大部份希望最終落戶奧地利、德國等西歐國家。斯洛文尼亞及克羅地亞的官員均已表明，只要奧地利、德國願意接受這批難民，他們不會關閉邊境。
聲音
匈牙利關閉邊境，無助於解決問題。該措施與我們構築歐盟團結的努力背道而馳。
關閉邊境形成了「多米諾效應」（骨牌效應），難民人數不斷積壓，這會為所有國家造成很大的麻煩，我無法設想可能導致的後果。他們（難民）已經賭上性命，沒有人能阻擋難民潮；你要怎樣堵住他們……難道要開槍鎮壓？