國民黨於10月17日召開臨時全國代表大會（臨時全代會），出席會議的891位黨代表以逾九成（812票）的大比數通過了廢止洪秀柱代表國民黨參選總統的提名案，並徵召國民黨主席朱立倫參選總統。洪秀柱在會上表示，廢止提名的做法在合理性、正當性和程序合法性上都有高度爭議，自己無法認同，但身為黨員唯有被迫接受；而朱立倫則再次向洪秀柱致歉，並稱自己將勇敢承擔黨內同志的託付。
孤臣可棄，但絕不折節！黨可以不要我，秀柱絕不會放棄黨！
洪秀柱還在發言中重申了自己在兩岸問題上的立場，稱完全了解國民黨目前的兩岸論述，即「九二共識、一中各表」的歷史貢獻，但認為它「僅維持兩岸關係脆弱地穩定」；而自己作為總統參選人，希望「再進一步」，故提出在五個前提下簽署兩岸和平協定，並稱「如果本黨的總統參選人不敢堅持這點，這才是違反黨章，背離民意！」
端傳媒特約撰稿人喬俠青曾分析，「換柱」之所以成為現實，與國民黨內「統派」和「維持現狀派」的路線之爭有關。尋求兩岸統一的國民黨「統派」在目睹去年「九合一」選舉慘敗後，認為有必要將國民黨拉回尋求統一的「正確道路」，洪秀柱正是代表他們參選。然而「統派」在意的並不是選舉獲勝，而是藉機宣傳自己的兩岸理念。當國民黨中央意識到這一點，受影響的不只總統大選，還有立委選舉，「換柱」也就勢在必行。
朱立倫亦在表決前發表講話。他先向全體黨員三鞠躬致歉，稱自己作為黨主席「努力不夠、溝通不足」，造成了洪秀柱的委屈和困擾。但他指出，距離總統和立委選舉不足百日，而國民黨「選情空前低迷，情勢空前危險」，因此不得不重新調整。他強調，明年的大選不僅關乎國民黨的利益，也關乎國家的利益，若由「一向主張台灣獨立、逢中必反的黨派」勝出，中華民國、台海穩定等都可能受到威脅。
在現場與會黨代表以舉手表決的方式決定廢止洪秀柱的參選資格後，國民黨中央提名審核委員會隨即召開會議，決定徵召朱立倫參選總統，該提案經臨時中央常務委員會（中常會）通過，後由臨全會代表們起立鼓掌通過。
獲得參選資格後，朱立倫隨即向蔡英文下「戰書」，辯論兩岸關係，要求她說明如何面對「中華民國」、希望維持的又是哪種「現狀」。朱立倫又承諾，若當選總統將會進行國會改革，而自己每年也都會到立法院進行國情報告，並接受重要政黨代表的諮詢。他又形容明年大選是一場「不可能的任務」，但自己會在「險中求勝、敗中求勝」。
身兼新北市市長的朱立倫還對新北市市民表示歉意，稱去年6月參選市長時曾承諾做滿任期，因此遲遲沒有做出參選總統的決定。有媒體引述消息稱朱立倫傾向於「帶職參選」，不會辭去市長職務，只會請假。而新北市政府發言人則稱朱立倫將在下周作出「正式完整公開說明」。
「換柱」表決結束後，洪秀柱到會場外與數百名支持者對話。有支持者建議她改選國民黨主席，洪秀柱回應稱「如果這是你們期望的道路，我會努力」。洪秀柱又呼籲黨員們不要退黨，但並沒有呼籲支持者支持朱立倫參選。
聲音
在這次選舉過後，未來當我們談到民主制度的建立，以及程序正當性的捍衛時，本黨今日所為，究竟會如何載入輝煌的黨史呢？
如果明年大選，本黨全面失利，台灣還會有民主的制衡嗎……如果經常性採取群眾抗爭、霸佔主席台、肢體衝突、拒絕被質詢……這些從政模式的黨派，全面當權，台灣還會有民主嗎？
「換柱」是性別問題也是民主機制問題……國民黨男性不參選2016總統大選，洪秀柱挺身而出，而這些人卻在背後搞各種動作，硬要把洪秀柱換下來，這是更應該檢討的地方。
對照過去7年來馬英九總統總是把執政失敗責任推給國際環境、推給在野黨，朱立倫今天的講話，讓人看到另外一個馬英九。