8月16日上午，香港特首梁振英在出席行政會議前公開表示，「港獨」（即香港獨立）並非言論自由問題，若有學生想在學校討論港獨話題，老師及校長有責任以是非觀、是非立場去引導學生往正確的方向討論。
梁振英指，主張或參加港獨潮流的青年人個人要付出很大代價，整個社會也會隨之付出代價，因為港獨蔓延會影響社會穩定，破壞中港關係。而對於有主張港獨的組織倡議修改《基本法》，梁振英表明《基本法》的160條條文有輕重之分，涉及國家對香港基本方針政策的條文不可以修改。
教育局局長吳克儉亦在16日約見多個辦學團體、家教會代表、校長會等，討論如何應對港獨議題進入校園。與會的家校合作委員會主席湯修齊在會後引述吳克儉說，港獨違反《基本法》，教育局會支援家長和學校處理學生參與推動港獨的問題。此前，教育局已連發聲明，強調任何港獨主張或活動都不應在校園出現，若有教師作出違法失德行為，可能被取消教師資格。
同日下午，中聯辦法律部部長王振民亦表態，指港獨議題不可進入中小學毒害孩子，「這是底線原則問題」，他又指談論港獨本來已涉嫌觸犯香港本地法律，亦違反《基本法》。
這並非言論自由的問題，而是我們有是非的立場，學校有責任去引導同學往正確方向討論問題。
自本土派學生組織「學生動源」上月表明，要透過成員在新學年參選各校學生會，以將港獨聲音帶入校園以後，多間中學已成立了宣傳港獨理念的校內本土關注組織。
16日下午，「學生動源」與13所中學本土關注組發出聯署聲明，指已有關注組成員被校長及其他教職員召見。聲明警告政府及教育局不要以剔除學籍或其他手段來「打壓港獨聲音」，否則「定當果斷還擊」。聲明又批評教育局連日來的表態荒謬：「一名教師的專業資格竟能與其政治取態掛鈎？其邏輯實令人摸不着頭腦。」
吳克儉建議學校報警處理港獨學生
8月14日，行政會議成員陳智思擔任榮譽會長的香港校董學會發表聲明，開啟了教育界對「港獨入校」的批評。聲明堅決反對教育工作人員在校內「公然鼓吹香港與中國分離、對抗特區政府依法施政等思想的行為」。
香港教育局亦於14日發表聲明，指校董會作為學校教職員的僱主，應該提醒教師不能以任何形式宣揚港獨。教育局強調，任何港獨主張或活動都不應在校園出現。
教育局的聲明還指，在校園討論港獨議題時應以《基本法》為基礎，教師不能有任何政治灌輸成分，應該引領學生了解《基本法》作為特區憲制文件的重要性，讓學生準確認識《基本法》和一國兩制的概念，清楚明白港獨不符合特區在《基本法》下的憲制和法律地位。
聲明警告，若有教師鼓吹港獨，校董會或法團校董會可「作出適當跟進」；若教師涉及違法或失德行為，教育局會按事件性質、嚴重性、法庭裁決及紀錄或調查結果，向教師發出勸喻信、警告信或譴責信，甚至取消或拒絕其註冊教師的資格。
15日，又有媒體曝光指，吳克儉早在8月11日與香港八大院校的校長會面時，就討論過學生涉及港獨的問題，席間強調任何港獨主張或活動都不應在校園進行，有需要時，校方還可考慮報警處理。但當日在座的一些校長表達了對此舉可能影響學術自由的擔憂，並質疑報警是否有理據及可行。
教育局發言人在15日回應報導，澄清教育局從未就港獨事宜向大學發任何指引，也從未要求校方報警，只是不時與八大院校領導層保持聯繫，交流意見。教育局指會尊重大學自主，但相信校方有能力及責任照顧學生利益，防止有人濫用大學平台和資源來推動港獨。
只說最近，我們常常就跟我們的學生或年輕人講，哪些事不能講、不能想。這已經跟他們以往所認識的香港好不同。
不過，香港教育專業人員協會（教協）副會長張銳輝早在8月10日就曾表示，學生願意討論社會事和國家事是好事，質疑為何要設立思考和討論的禁區。
張銳輝的言論，卻惹來反港獨親建制團體「政中香港人」於15日到教協旺角總部示威。教協隨後發聲明澄清，引述《香港教育專業守則》指，並不是贊成教師向學生鼓吹港獨，而是認為教師要教導學生尊重不同立場和觀點。
《香港教育專業守則》由教育人員專業操守議會制定。議會主席鄒秉恩16日表示，下週議會原定就要討論該守則的修訂，會上將會討論是否接受教育局關於港獨的新指示。
教協監事會副主席、 退休中學副校長黃克廉則在16日的電台節目上表示，教育局對港獨說法空泛，沒有清晰界定何謂港獨及鼓吹港獨的行為，稱相關做法不專業，是「製造白色恐怖」。
16日下午5時許，教協又召開正式記者會再次批評教育局做法，指教育局立場曖昧，「擺前線老師上檯」（把前線老師當成箭靶），擔心造成寒蟬效應。
聲音
要求教育局對違反教育工作者職責、操守及教育條例人士嚴格執法。以免錯誤及違法思想在校園傳播，遺禍社會，將香港陷於萬劫不復的深淵。
敝黨在此特別呼籲仍然在學之青年人，在大專院校及中學廣泛成立支持「香港獨立」之政治組織......將來不論成為勞動階層、白領、藍領，以至專業人士，請支持並參與推動「香港獨立」，在各個界別累積「獨派勢力」，為建立「共和國」奠下基礎。
中學生自己有渠道接觸資訊，可以有自己的政治立場，不會因為教育局的言論，而停止有關香港前途及港獨的討論。
當公眾意見分歧時，應教導學生尊重不同的立場和觀點。應把尊重人權的教育視為要務。應致力培養學生的自由、和平、平等、理性、民主等意識。